序章 后台的表象
学院都市新学期的第一天。
这一天，上条当麻所在的学校出现了「迷之转学生」，茵蒂克丝第一次交到「朋友」，御坂美琴与茵蒂克丝初次会面，夹在两人中间、左右为难的上条当麻，与往常一样不幸，还有由始至终旁观的白井黑子对于上条的嫉妒……然后，魔法师向学院都市袭来！
「迷之转学生」，「朋友」，魔法师。
在《特别警戒宣言》之下的学院都市，科学与魔法交叉之时，上条当麻的故事开始了——！
学园都市内，有幢没有窗户的大楼。
没有门、窗户、走廊与楼梯，不含任何建筑物该有的机能。除了使用等级4的大能力之一「空间移动」之外，没有任何方式能进入。在这密室的中央，矗立着一座巨大的玻璃圆筒。
圆筒的直径四公尺，全长超过十公尺，以强化玻璃制成，里面充满了红色液体。宽敞的房间四周围墙壁上尽是机械装置，数十万条缆线及管路延伸而出，沿着地面连接到中央的圆筒上。
由于没有窗户，这房间永远处于黑暗中。但是从远处围绕着圆筒的机械装置上，有为数不少的讯号灯及萤幕，如夜空中的繁星般闪耀光芒。
灌满了红色液体的圆筒中，有个身穿绿色手术服的人，头下脚上地悬浮着。
学园都市统括理事长，……（內容加載失敗！請刷新或更換瀏覽器）