当学园都市在为大霸星祭忙碌着的时候，无能者（Level 0）的少年——上条当麻和完全记忆了十万三千本魔道书的修女——茵蒂克丝，像往常一样享受着他们放学后的日常。
但当上条因某个契机偶然触碰到某个建筑物时，隶属于『必要之恶教会』的魔法师——史提尔？马格努斯突然发动了攻击。
史提尔是来解决潜入了学院都市的魔法师的。这些憎恨着科学侧的魔法师们来自于印度神话系魔法结社「从天而降的诸神之门」。
就在他们想在学园都市各处设下名为「阿耆尼之祭火」的魔法术式以造成大规模破坏的时候，上条和史提尔锁定了这些人的藏身处。然而，站在他们面前的却是一名穿着相当暴露的水手服的褐色皮肤少女…
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