在这个科学已死的异世界里，透过魔法发展出了名为「魔学」的科技──至于被命名为『福音』、宛如咒语般的技术，则是成为了社会发展的根基。
因为经历了某事件而排斥魔学的普通高中生•相庭元，碰巧遇见了文部魔学省的精英魔学使•御崎美羽，并且得知这个世界正出现了会让人无法正常使用「魔学」的特殊现象『福音矛盾』。相传信奉着于400年前消失的科学──「科法」的『科法使』，就是引起『福音矛盾』的始作俑者。而且对方似乎原本是这个世上唯一能够正确使用魔学的人物……？
剑姬与枪姬交织而成的刀光剑影，就此上演一出新世代魔法科学大战的动作恋爱喜剧！
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