来自月球的巨大岩盘「黄泉比良坂」朝着迈向毁灭的地球飞来。
在小光的Heurtebise击败黑色巨人阿尔玛洛斯，超级福音战士与真嗣使岩盘平安降落后，
地球理应脱离了危机。
然而小光与Heurtebise却化身为新的阿尔玛洛斯，使迈向破灭的齿轮再度转动。
时间停止在第三次冲击之前，成为「梦中存在」的真嗣，
驾驶福音战士最终号机赶赴最后的战斗。
他们能将世界从「人类补完计划」的牢笼中解放吗？
自电视动画版第24集分歧衍生，《新世纪福音战士》另一个可能性的故事，
在经过十年岁月后就此完结。
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