「谁在那里……？」「少女名叫爱丽丝。她非常喜欢老师。」
寒假，年末的学园都市。
某个早晨，当上条当麻醒来时，不知为何，发现自己和一位名叫爱丽丝的金发少女同睡一床毯子！然而，他无暇被这场局面左右。因为由于『手铐』而毁灭的『暗部』，载着其幸存者的装甲列车发生了碰撞事故，凶恶的囚犯们逃了出来。
战斗日趋激烈，『暗部』的恐怖显露无遗。然而，不知情的上条他们却在一瞬间伸出了援手，而对象竟是那不得了的凶恶花露宴会？
与上条并肩作战的『暗部』，似乎有些不同。天真的傻瓜上条当麻（神秘少女爱丽丝相伴）和极端的黑暗相交汇时，故事才刚刚开始——！
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