歌琉多一行人战胜了安娜塔西雅所率领、驱使旧世代魔法的最强集团『排解难题』后，重建海上水晶魔法学园葛摩诺亚，拾回丧失的昔日学校生活。众人将于『先出事变』中所失去的种种谨记在心，并持续进行训练，以对抗即将出现的下一波『威胁』。
「呼，咿，妳、妳为什么连大气都不喘一下啊……？」
「那我流一点汗会比较好吗？我擦、我擦。」
然而，却有人潜入校内，企图将这份和平摧毁得支离破碎――役使阿努比斯的少女为『排解难题』其中一员‧安娜塔西雅的……亲生妹妹！？
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